Kehadiran Perpustakaan Masjid Masjid A.R. Fachruddin  berawal dari  bagian  LSIK (Lembaga Studi Islam dan Kemuhammadiyahan) pada tahun 1998  yang membutuhkan ruang atau sarana untuk kajian keislaman bagi sivitas akademika UMM dan  ruang baca serta sumber informasi. Namun  dalam proses kelola koleksi tetap dalam pengawasan dan pendampingan  Perpustakaan Pusat UMM. Seiring waktu tahun 2000 Perpustakaan Masjid A.R. Fachruddin  menjadi satu manajemen dengan Perpustakaan Pusat UMM sebagai salah satu unit layanan pengguna bagi semua fakultas yang ada di UMM.

Koleksi yang dimiliki Perpustakaan Masjid A.R. Fachruddin berjumlah  + 8487/18994 judul/eksemplar, yang terdiri dari koleksi referensi, koleksi umum, dan koleksi kitab (berbahasa Arab) yang jumlahnya ± 35% dari seluruh koleksi di perpustakaan masjid. Karena koleksi kitab yang berbahasa arab yang memang didominasi oleh kitab tafsir dan hadist, maka perpustakaan masjid dijadikan sebagai kelas praktikum bagi mata kuliah hadist dan tafsir.

Sistem layanan yang ada di Perpustakaan Masjid memiliki kesamaan dengan Perpustakaan Pusat UMM sebagai Induknya, mulai dari transaksi ( Peminjaman, pengembalian, perpanjangan ) dan peraturan yang berlaku juga mengikuti Perpustakaan Pusat.

Lokasi  perpustakaan Masjid berada di area gedung Masjid A.R. Fachruddin lantai 2.  

Layanan Senin – jum,at  (08.00 s.d 16.30 WIB ),  Sabtu (08.00 - 12.00 WIB ).